米哈伊诺维奇在意甲国际米兰足球俱乐部开始自己的教练生涯，担任助理教练。2008年5月29日，随着曼奇尼被解雇，米哈伊诺维奇也结束了他在国际米兰的教练生涯。 　　         2008年11月3日，米哈伊诺维奇被任命为意甲博洛尼亚俱乐部主教练，他作为主教练的第一场比赛是2008年11月8日博洛尼亚主场对阵罗马，最终比分博洛尼亚1-1罗马。 　　         2009年4月4日，米哈伊诺维奇被博洛尼亚解雇。 　　         2009年12月8日，米哈伊诺维奇被任命为意甲卡塔尼亚俱乐部主教练，米哈伊诺维奇在家闲赋了8个月后再度上岗。并带领处于降级区的卡塔尼亚在赛季末取得了第13名的好成绩。 　　    2010年5月24日，米哈伊诺维奇辞去了卡塔尼亚主教练职务。 　　         2010年6月3日，佛罗伦萨俱乐部官方宣布任命米哈伊诺维奇成为球队的新任主教练。 　　    2011年11月7日，佛罗伦萨俱乐部官方宣布解雇米哈伊洛维奇